La coopération entre l'Union européenne et le Gabon repose sur le dialogue politique, le commerce et l'aide au développement. 

L'Accord de Cotonou, signé en 2000 dans la capitale du Bénin et révisé en 2005, qui lie l’Union européenne aux pays d’Afrique, des Caraïbes et du Pacifique (ACP), constitue  le fondement du partenariat entre l’UE et le Gabon.

Il repose aujourd’hui sur cinq piliers interdépendants : le renforcement du partenariat politique ; la promotion de la paix, la sécurité, la gouvernance démocratique et les droits de l'homme ; les stratégies de développement et l'objectif de la réduction de la pauvreté ; l'établissement d'un nouveau cadre de coopération économique et commerciale et la réforme de la coopération financière.

Dans le cadre des relations politiques, la délégation de l'UE entretient un dialogue politique régulier avec les autorités du Gabon sur des thématiques telles que le développement, l'environnement, l'égalité genre, les migrations, le commerce des armes, le respect des droits de l'homme ou les principes démocratiques.

Ce dialogue inclut les membres du gouvernement, les différentes institutions du pays, mais également les acteurs économiques et sociaux y compris les organisations de la société civile.

Sur ce plan, le Gabon joue un rôle important dans le processus de maintien de la paix en Afrique centrale. Le pays siège à la Communauté économique des États de l'Afrique Centrale (CEEAC) et est signataire d'un accord de coopération sur la sécurité dans le Golfe de Guinée.

Coopération économique 

Au plan économique, les relations commerciales entre les deux partenaires sont régies par le chapitre commercial de l'Accord de Cotonou. L’objectif de ce vaste accord d’assistance et d’échanges commerciaux est de promouvoir et d’accélérer le développement économique, culturel et social des États ACP d’une part, et d’approfondir et diversifier leurs relations avec l’Union européenne et ses États membres dans un esprit de solidarité et d’intérêt mutuel, d’autre part.

Le Gabon, qui bénéficiait depuis le 1er janvier 2008, du Système des préférences généralisées (SPG) de l'Union européenne, n’en profite plus depuis le 1er janvier 2014. Suite à l’adoption par l'Union européenne de son nouveau SPG qui réserve désormais les préférences aux pays à « faibles revenus » et à « revenu intermédiaire tranche inférieure » selon le classement de la Banque mondiale. Or, le Gabon étant classé « pays à revenu intermédiaire tranche supérieure ».

Actuellement, le pays ne bénéficie donc plus d'aucun régime préférentiel pour ses exportations vers l'Union européenne. Seules les feuilles de placage à base d'okoumé font l'objet d'une dérogation jusqu'en 2018.

S’agissant des relations commerciales, l'accord de partenariat économique avec l’Afrique centrale, le Gabon, avec la Guinée équatoriale et Sao Tomé-et-Principe, fait partie de la configuration régionale Afrique centrale, qui négocie actuellement un Accord de partenariat économique (APE) avec l'Union européenne. Cette configuration comprend également les autres Etats membres de la CEMAC (Cameroun, Centrafrique, Congo, Tchad) et la République démocratique du Congo.

En cours de négociation, cet accord constitue une des alternatives qui permettraient au Gabon de garantir le libre accès au marché européen pour tous ses produits et pour une période illimitée.

Accord de partenariat sur la pêche

L'accord de partenariat concernant la pêche a été conclu entre l'UE et le Gabon le 24 juillet 2013 pour une période de 6 ans tacitement renouvelable. Cet accord autorise les navires de l’UE venant d'Espagne et de France à pêcher dans les eaux gabonaises. Il fait partie du réseau des accords thoniers en Afrique de l'Ouest.

Il est financé à hauteur de 878 millions FCFA, soit 1 350 000 €, dont le tiers est destiné à encourager la pêche durable dans le cadre de la politique nationale de la pêche mise en œuvre par le Gabon. Un accord de partenariat sur la protection des forêts est également en cours de négociation.

Coopération technique et financière

En tant que pays à revenu intermédiaire, l’enveloppe pour le 11e Fonds européen de développement (FED) du Gabon est soumise au critère de différenciation soit 8,45 milliards FCFA, contre 25,35 milliards FCFA dans le 10e FED.

L’UE concentrera son appui dans un seul secteur à savoir : l’éducation technique et professionnelle, avec comme objectif d’accompagner le Gabon dans sa diversification économique et la création d’emplois.

Un secteur insuffisamment développé et structuré pour répondre à la demande actuelle et future de main-d’œuvre qualifiée. La proposition de choix du secteur s’inscrit dans le cadre du Plan stratégique Gabon émergent.

De manière globale, l’objectif de la coopération entre  l’UE et le Gabon est de promouvoir une croissance et un développement durables pour réduire la pauvreté.